內毒素(Endotoxin)是革蘭氏陰性菌細胞壁上的一種脂多糖，它能引起哺乳動物發熱，甚至會導致動物休克。常規的質粒純化試劑盒由于無法去除內毒素的污染，從而大大降低了質粒轉染的效率。Omega公司采用獨特的內毒素吸附緩沖液(ETR Binding Buffer)，能有效去除質粒中的內毒素污染，純化的質粒中內毒素含量小于0.1EU/µg，可大大提高轉染實驗效率和動物注射效果。
從培養過夜的菌液中收集細菌后，采用經典的堿裂解法裂解細菌，離心去除染色體DNA和蛋白質，得到含有質粒和內毒素的上清液，加入ETR Binding Buffer吸附去除內毒素并調節結合條件并轉移至硅膠柱，離心吸附質粒DNA，經三種溶液洗滌去除殘余蛋白質和各種雜質，最后用 Endotoxin-Free Elution Buffer洗脫出質粒DNA。